La orden de los Mercedarios fue fundada en América en 1538 al inicio de la colonización española. Su monasterio en Ciudad Vieja fue rústico, seguramente de adobe y paja.

La construcción de la iglesia de la Merced en la nueva capital del valle de panchoy comenzó a mediados de 1500. Hasta 1717 los mercedarios continuamente reconstruyeron, modificaron, ampliaron y repararon su iglesia y convento, debido a los terremotos de 1565 y de 1689.

Llego a ser muy popular, pues allí se veneraba la imagen de Nuestra Señora de la Merced, patrona de la capital.

Fue el centro provincial más importante de los mercedarios. Su monasterio que llego a albergar a cien religiosos, incluía una biblioteca notable además de todas las dependencias necesarias en un convento principal. La bella fuente de su claustro central superaba en tamaño a todas las otras de su época. 

Los terremotos de 1717 causaron muchísimos daños en el monasterio y en la iglesia, la cual fue reconstruida poco a poco a partir de 1749 y estrenada en 1767.

Este imponente edificio, con tres amplias naves, cúpula majestuosa y elaborado decorado barroco en el exterior, es lo que aun podemos apreciar hoy.

Fue construido para resistir terremotos, por lo que logro sobrevivir a los de Santa Marta, acaecidos seis años después.